เริ่มก่อสร้างเป็นสำนักสงฆ์เมื่อปี 2502 โดยพระครูสังฆวิธานฐานานุกรม (สำลีปภาโส) ในปี 2504 เริ่มสร้างหลวงพ่อองค์ใหญ่ (อุโบสถ) เสร็จในปี 2527 ผูกพัธสีมา ฝังลูกนิมิตในปี 2528
ประวัติพระครูสังฆวิธาน ฐานานุกรม (สำลี ปภาโส) บวชที่ปราจีนบุรี เดินธุดงค์ที่พม่า ลาว เจดีย์สามองค์ เคยจำวัดที่วัดพลับพลาชัย 42 ปี แล้วมาอยู่กรุงเพทฯ จึงเดินทางมาสระบุรี ในวันขึ้น 13 ค่ำ เดือน 8 พ.ศ.2502 วันอาสาฬหบูชา ซึ่งเดิมมีพระผู้เฒ่าอยู่ จึงขออาศัยจำพรรษาอยู่แล้วนั่งสมาธิที่ตรงนี้เหมาะสมที่จะมีพระพุทธรูปองค์ใหญ่และสร้างขึ้นในปี 2504 สร้างเสร็จปี 2527
หลวงปู่มรณะ เมื่อปี พ.ศ.2532 โดยร่างกายไม่น่าเปื่อยทางวัดได้เก็บร่างของหลวงปู่ไว้ในโรงแก้วอยู่ด้านหลังองค์พระใหญ่นั่นเอง ซึ่งวัดซับบอนนี้ท่านที่สัญจร โดยใช้เส้นทางถนนมิตรภาพท่านก็จะได้เห็นหลวงพ่อองค์ใหญ่ตั้งตระหง่านอยู่ริมถนนมิตรภาพและเป็นที่เคารพนับถือของผู้ที่ใช้เส้นทางสายนี้
